分集剧情
第30集本集剧情
回到东京后，藤田正一被警方保护起来。柯南将疗养院拍到的证据交给灰原哀，灰原哀确认照片中的年轻琴酒与“蜘蛛计划”直接相关。柯南决定去东京地铁中央线寻找藤田正一所说的地下交接点。他带着少年侦探团在中央线各站巡查，终于在御茶之水站发现一处废弃的维修通道，入口处的墙壁上有组织使用的暗号标记。柯南让灰原哀带领侦探团在站外接应，独自进入通道。通道尽头是一间小型密室，墙上贴着东京地铁线路图，多条线路被红笔标注，交汇点正是御茶之水站。桌上放着一台加密电脑，柯南刚插入数据盘，屏幕突然亮起，弹出一行字：“欢迎回来，工藤新一。”琴酒的声音从耳机中传来：“你以为能逃出我的手掌心吗？”柯南拔下数据盘，转身冲出通道，身后传来爆炸声，通道口被炸塌。灰原哀和侦探团在站外焦急等待，看到柯南灰头土脸地从另一个出口爬出，步美哭着扑上去。柯南握紧手中的数据盘，望向远处高楼上倒映的夕阳，眼神愈发坚定。
第29集本集剧情
毛利小五郎和小兰赶到山林时，柯南已带着藤田正一躲进一个树洞。藤田正一逐渐恢复意识，他断断续续地说出“蜘蛛计划”的真相：组织利用疗养院做人体实验，试图开发一种能让成年人身体缩小、心智保持不变的药物——这正是APTX4869的前身。他拒绝继续参与后被囚禁，直到柯南出现。柯南问他还知道哪些组织据点，藤田正一说出“东京地铁中央线某站”有一个地下交接点。这时杜松子带人追进山林，毛利小五郎迎面撞上，被一枪托打晕。小兰护住小五郎，柯南从树后射出麻醉针，正中杜松子颈部，杜松子倒地。其余黑衣人见状四散而逃。小兰回头看到柯南手中还举着手表，眼中闪过一丝疑惑。
